杨石魂，1902年9月11日出生于广东省普宁县钟堂乡一个中医师的家庭。父亲杨汉三本是前清附学生员，是位德高望重的医生。在父亲的教育下，杨石魂11岁便能作上千字的文言文；15岁就读于揭阳榕江中学。受进步教师的影响，他经常阅读《新青年》、《每周评论》等刊物，常常与同学研讨时务，交流思想。假期回乡，他和朋友们一起，向群众宣传救国道理，传播进步思想。
1919年，五四运动的消息传到揭阳，杨石魂和同学们上街游行，贴标语、发传单、喊口号，发表通电，声援北京学生。5月13日，揭阳县学生会成立，杨石魂被选为主席。
汕头是日本帝国主义的势力范围，汕头市警察局长李少如是亲日派，他控制的警察局成了日本帝国主义的工具。李少如和日本领事勾结，包庇走私日货，人民群众早就恨之入骨，却敢怒不敢言。杨石魂与方临川、方思琼（方方）等学联领导人商量，决定开展对李少如的斗争。经过缜密的调查，他们掌握了李少如包庇日货走私的确凿证据，立即组织学生示威游行，捣毁警察局的门窗桌椅，向亲日分子李少如发出警告，将查抄出的走私日货当众展览，然后点火焚毁。平日骄横跋扈的警察局长，不可一世的李少如，耷拉下了头。杨石魂领导岭东学联开展的爱国斗争，在粤东革命史上写下了光辉的一页！
1920年，杨石魂在榕中毕业以后，考进广州铁路专门学校。杨石魂到广州就读后，思想更加成熟，1923年杨石魂加入社会主义青年团；1924年转到工程学校读书时，又参加了中国共产党，并结识了彭湃、阮啸仙等人。假期回乡，他动员弟弟杨慧生和方思琼、黄中坚、伍治之、张清江、谢培芳等到广州农民运动讲习所学习。10月，他出席社会主义青年团粤区代表会议，被选为执行委员。1925年春，国民革命军第一次东征期间，他奉命回汕，任团特支书记、汕头市总工会筹委会主席，发动和组织广大青年和工人群众进行革命斗争。
1925年11月，第二次东征取得胜利后，汕头国民党党部改组时，杨石魂被选为市党部执行委员兼工人部长。在中国共产党内，他是地委委员，任工运书记。刚满23岁的杨石魂，肩负起领导潮汕地区工人运动的重任。
汕头市的工人，以交通运输业的人数为最多。他们多是来自粤东各地的破产农民，处在社会的底层，饱受反动把头的残酷剥削，又经常遭到警察的压迫和敲诈，生活困苦，更谈不上有丝毫的政治权利。杨石魂决定从发动运输工人着手，开展工运工作。他专门租赁了一辆车去当人力车夫，白天拉车，晚上与工人谈心，向工人请教，很快便和工人结成了知心朋友。工友向他倾诉生活的痛苦和心中的愤怒，他因势利导，启发工人的阶级觉悟，帮助他们成立人力车工会；接着又在建筑业中组织工会。杨石魂着力培养骨干，发展党员，建立党支部，在此基础上，领导工人开展经济斗争。在他的领导下，潮汕铁路工人要求提高工资的斗争取得了胜利，普通工人的工资由每月15元均加20元，原来20元的增为25元。这一胜利，大大地鼓舞了其他行业的工人。营造厂的建筑工人每天工作长达10小时，日工资仅为0.8元，资本家对工人非常苛刻。杨石魂组织工人，以罢工的方式与资本家进行谈判，坚持罢工一个月，最终迫使资本家接受了工人提出的条件：一、工时减少为8小时；二、日工资提高到1元；三、在工资中附加1%作为建筑工人子弟学校的经费。
汕头总工会成立后，经济斗争使工人更加贴近工会，在这基础上，杨石魂又引导工人积极参与政治斗争，协助汕头的海员罢工委员会和省港罢工委员会办事处，封锁了汕头的出海口，从而有力地支援了省港大罢工。工人运动的蓬勃发展，使汕头总工会的威信迅速提高，会员发展到三万余人，成为岭东工人运动的指挥部。1926年10月，杨石魂被选为汕头总工会的执行委员长。
为了实现孙中山的遗愿，在中国共产党的大力推动和支持下，广东国民政府决定誓师北伐统一中国。当时担任汕头市总工会执行委员长的共产党员杨石魂，全力以赴地组织发动工人群众，成立工人运输队，为北伐军挑粮草、运弹药、抬担架，但是，北伐军中的国民党右派军官，对这些工人却诸多指责，百般苛求，甚至殴打、监禁、残害工人运输队员。杨石魂迅速向中共汕头地委反映情况，地委明确指示：必须与国民党右派军官虐待工人运输队的暴行作坚决的斗争。于是，杨石魂组织工人群众到汕头留守司令部示威，提出的口号立场鲜明：“拥护北伐，反对北伐军中的右派分子虐待工人运输队！”有理有节的斗争策略，维护了工人的正当权益，迫使那些右派军官不得不释放被监禁的运输队员，补发了薪饷。斗争的胜利，使工人群众更加信赖中国共产党。
由于杨石魂处处关心工人群众的利益，便成了反动势力的眼中钉、肉中刺，必欲除之而后快。1926年12月11日，杨石魂到揭阳去开会，揭阳的反动分子周伯初、林晏林等得讯后，指使流氓许实德带领数十名歹徒闯入杨石魂住的张园旅社，将杨石魂绑架，连夜押往潮阳柳岗乡秘密监禁。他们企图以土匪绑架为借口，将杨石魂置于死地！
得知杨石魂被绑架后，揭阳县工农商学各界集体到县政府请愿，发出快邮代电，向社会披露事件真相，揭发反动派的罪行，使他们不敢贸然对杨石魂下毒手。
次日清晨，揭阳工农商学各界的代表共103人，乘船赶赴汕头，向留守汕头的代理潮梅绥靖主任何辑伍（何应钦之弟）请愿，要求立即释放杨石魂，揭阳的农军迅速包围了揭阳县城，用武力向反动派施加压力。中共汕头地委召开紧急会议，电召出巡梅县的彭湃立即赶回汕头，研究营救方案。汕头的人民群众组织了查缉委员会进行调查；工农商学各界纷纷举行声势浩大的示威游行。工人们手执木棒，走上街头，高呼口号，要求驻军派兵前往揭阳去搭救杨石魂，表示如不答应，则全市工人大罢工。
在党组织和工农群众的营救下，12月17日，杨石魂终于脱离了魔掌。
1927年4月12日，蒋介石在上海发动反革命政变。汕头的国民党反动派跟随蒋介石，疯狂镇压工农运动，屠杀共产党人和革命群众。4月14日深夜，他们包围汕头总工会，杀害了总工会秘书丘磷。又悬赏花红3000，通缉杨石魂。在险恶的形势下，杨石魂非常镇静，果断地采取了应急措施，并转告有关同志，布置好工作后，他化装成建筑工人，于15日黄昏机智地转移出汕头。
针对国民党反动派的屠杀政策，党组织决定以革命的武装反对反革命的武装，杨石魂被任命为东江工农自卫军的副总指挥。他率领队伍在潮汕地区转战，后与海陆丰起义失败后的农民武装会合，整编北上。部队在湖南被敌人击溃，杨石魂经过化装，历尽艰险，于6月底才到达武汉，找到彭湃等同志。党组织经过研究，认为武汉国民党可能叛变，“全体广东同志回广东工作”。于是，杨石魂返回汕头，任市委书记，在白色恐怖下，坚持革命斗争。
7月15日，汪精卫等公开背叛革命。8月1日，中国共产党发动南昌起义。起义军经过长途跋涉，于9月23日进占潮州，杨石魂率领东江工农革命军进入汕头策应。他们打开监狱，释放被捕的革命同志，迎接起义军，协助起义军建立革命政权。不甘心失败的敌人重新纠合在一起，疯狂向汕头反扑。面对强大敌人的反扑，起义军撤出汕头。革命政权仅存在七天，史称“潮汕七日红”。在普宁的流沙镇，张太雷、恽代英等与杨石魂一起研究护送中央领导同志撤离战区的工作。10月28日，杨石魂和南塘区委书记黄秀文，护送周恩来、叶挺、聂荣臻等人一起乘船到香港。抵港后，杨石魂派黄秀文先到海边街的潮汕客栈开房，他自己背着还在生病的周恩来上岸，胜利地完成了转移中央领导同志的任务。
此后，杨石魂先后担负中共广东南路特委书记、北江特委书记、广东省委常委等任务。1928年底，奉命到上海。1929年春，受党中央派遣杨石魂与陈介陶、刘恢等三人前往武汉。他们于2月19日抵汉后，立即开展重建省委的活动。5月底，正当杨石魂和曹壮父、叶开寅等研究工作之际，不幸被敌人逮捕。后英勇牺牲，年仅27岁。
杨石魂牺牲后，国民党反动派以“纵子参加共产党”的罪名，将他父亲杨汉三逮捕入狱，关押半年。三弟杨昌明被迫流亡海外，病故异乡。二弟杨慧生亦为革命牺牲。中华人民共和国成立后，杨汉三老人写信给周恩来，祝贺革命胜利。周恩来收信后，着内务部复函：“三子为国牺牲，实属无上光荣”。同时，他私人给杨汉三老人寄200元。这是对烈士的亲属表示深切的关怀，也是对杨石魂烈士的深切怀念。